I asked a similar question in the R forum but realized that isn't the optimal place to post. I'm working with a dataset looking like this:
> head(GLM_df)
# A tibble: 6 x 7
# Groups: hour [6]
hour Feeding Foraging Standing ID Area Feeding_Foraging
<int> <dbl> <dbl> <dbl> <fct> <fct> <dbl>
1 0 3.61 23.2 1 41361 Seronera 26.8
2 1 2.85 24.2 1 41361 Seronera 27.0
3 2 2.5 24.3 2 41361 Seronera 26.8
4 3 6.92 18.6 3.89 41361 Seronera 25.6
5 4 7.5 17.6 3.78 41361 Seronera 25.1
6 5 7.26 19.6 2.45 41361 Seronera 26.8
And I'm trying to run a glmer()
model as such to verify an interaction, the associated warning is found below:
> m1 <- glmer(cbind(Feeding_Foraging, Standing) ~ poly(hour, 2) * Area + (1 | ID), data = GLM_df, family = binomial())
Warning message:
In eval(family$initialize, rho) : non-integer counts in a binomial glm!
The model produces summary
and plot()
well, but I'm unsure wether I can justify the use of a binomial
distribution for my data.
Is there a way I could test that, such as the Shapiro test for normal distributions?
If that helps, I will dput()
my data below for reproductability:
> dput(GLM_df)
structure(list(hour = c(0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L,
10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L,
23L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L,
14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 0L, 1L, 2L,
3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L,
17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L,
7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L,
20L, 21L, 22L, 23L, 0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L,
11L, 12L, 13L, 14L, 15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L,
0L, 1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 8L, 9L, 10L, 11L, 12L, 13L, 14L,
15L, 16L, 17L, 18L, 19L, 20L, 21L, 22L, 23L), Feeding = c(3.61111111111111,
2.84615384615385, 2.5, 6.92, 7.5, 7.26086956521739, 6.84, 7.16,
6.25, 7.68965517241379, 8.13333333333333, 6.53333333333333, 7.13793103448276,
7, 8.93333333333333, 12.8, 5.3448275862069, 3.68421052631579,
3.17391304347826, 5, 5.11538461538461, 6.40909090909091, 5.29166666666667,
5.75, 6.96428571428571, 4.77272727272727, 4.61904761904762, 10.5666666666667,
13.8333333333333, 9.83333333333333, 9.43333333333333, 8.96551724137931,
8.68965517241379, 9.26666666666667, 10.1666666666667, 9.06666666666667,
10.2333333333333, 9.1, 9.5, 8.73333333333333, 8.03333333333333,
5.26086956521739, 4.44, 8.19230769230769, 11.3571428571429, 10.6071428571429,
11.1, 8.62068965517241, 5.54545454545455, 2.78947368421053, 3.04545454545455,
8.51724137931035, 10.5666666666667, 10.4666666666667, 9.13333333333333,
8.79310344827586, 8.53333333333333, 9.23333333333333, 9.8, 8.56666666666667,
9.73333333333333, 9.33333333333333, 7.6, 9.34615384615385, 8,
3.38461538461538, 4.125, 6.125, 7.48, 10.2380952380952, 6.88461538461539,
7.4, 4.1304347826087, 3.75, 2.3, 8, 11.1935483870968, 10.7741935483871,
9.25806451612903, 10.0967741935484, 8.64516129032258, 8.35483870967742,
8, 7.03225806451613, 5.80645161290323, 5.64516129032258, 4.9,
1.85, 3.96774193548387, 3.12, 3.30434782608696, 4.13793103448276,
4.37037037037037, 6.27586206896552, 6.69230769230769, 6.46153846153846,
3.56, 4.16, 2.75, 6.32258064516129, 6.74193548387097, 5.73333333333333,
5.36666666666667, 5.51724137931035, 4.53333333333333, 4.48275862068965,
4, 5.06666666666667, 4.25925925925926, 3.3448275862069, 2.75,
1.94117647058824, 3.74193548387097, 2.69230769230769, 2.85185185185185,
4.22727272727273, 3.75, 4.3, 5.06666666666667, 4.15384615384615,
6.91666666666667, 3.40909090909091, 4.22727272727273, 5.6, 5.10344827586207,
6.56666666666667, 7.35483870967742, 8.83870967741935, 8.25806451612903,
8.09677419354839, 10.3548387096774, 9.70967741935484, 10.1290322580645,
8.29032258064516, 6.6, 5.2962962962963, 8.36666666666667, 4.4,
3.28571428571429, 5.96153846153846, 5.93333333333333, 6.6, 5.93333333333333,
6.6551724137931), Foraging = c(23.2333333333333, 24.2, 24.3333333333333,
18.6333333333333, 17.6, 19.5666666666667, 17.8, 18.7, 18.5333333333333,
16.9333333333333, 15.4666666666667, 17.4, 17.0333333333333, 17,
14.2666666666667, 9.92857142857143, 19.9333333333333, 23.9, 23.5,
21.8333333333333, 21.4666666666667, 20.9, 21.3333333333333, 21.9333333333333,
17.6551724137931, 20.4, 20.8666666666667, 8.63333333333333, 5.26923076923077,
9.5, 10.2413793103448, 12.5172413793103, 11.6551724137931, 10.3448275862069,
10.3, 10.0344827586207, 8.46666666666667, 8.6551724137931, 6.72413793103448,
5.52173913043478, 13.6333333333333, 19.8666666666667, 20.0333333333333,
15.7, 10.6333333333333, 11.7666666666667, 11.9310344827586, 14.7333333333333,
15.3666666666667, 19.1333333333333, 18.3, 7.30769230769231, 4.47368421052632,
5.16666666666667, 8.37931034482759, 9.35714285714286, 8.71428571428571,
8.10344827586207, 6.31818181818182, 8.11538461538461, 7.07692307692308,
7.53333333333333, 5.64, 4.69230769230769, 9.5, 17.4666666666667,
17.448275862069, 14.7241379310345, 12.8571428571429, 11.8965517241379,
13.6538461538462, 13, 22.0967741935484, 24.2258064516129, 26.4516129032258,
9.93548387096774, 3.44, 6.04, 8.3448275862069, 9.26666666666667,
8.6551724137931, 6.43333333333333, 7.22222222222222, 7.90322580645161,
7.56666666666667, 6.1, 3.25, 1.57142857142857, 8.4, 23.9354838709677,
23.3225806451613, 18.3, 15.448275862069, 14.0740740740741, 14.551724137931,
18.8275862068966, 18.6666666666667, 21.4516129032258, 24.1290322580645,
10.0645161290323, 4.21428571428571, 5.71428571428571, 7.56666666666667,
7.51724137931035, 6.10344827586207, 5.66666666666667, 6.53571428571429,
6.31034482758621, 6, 5.73076923076923, 3.33333333333333, 2.8,
11.2333333333333, 23.258064516129, 23.9354838709677, 21.2258064516129,
18.4516129032258, 16.6, 10.8064516129032, 15.8064516129032, 19.4,
23.0967741935484, 22.3548387096774, 5.64285714285714, 4.75, 5.38888888888889,
7.19230769230769, 7.29032258064516, 7.93103448275862, 8.33333333333333,
7.07692307692308, 8.6, 6.57142857142857, 4.16666666666667, 2.94736842105263,
2.4, 7, 21.9677419354839, 20.258064516129, 17.8666666666667,
14.7857142857143, 12.1923076923077, 11.5806451612903, 15), Standing = c(1,
1, 2, 3.88888888888889, 3.77777777777778, 2.45454545454545, 4.93333333333333,
3.07692307692308, 3.1875, 2.55, 2.92, 3, 3.5, 3.8, 4, 4.35714285714286,
1.88235294117647, 1, 1, 1.88888888888889, 1.2, 2, 2.83333333333333,
1.6, 2.41666666666667, 1.9, 1.33333333333333, 5.85185185185185,
6.77777777777778, 6.62962962962963, 5.77777777777778, 4.82608695652174,
5.40740740740741, 6, 4.40740740740741, 5.93103448275862, 6.32142857142857,
8.30769230769231, 9.03571428571429, 11.9655172413793, 3.22222222222222,
2, 1.61538461538462, 2.78947368421053, 4.26086956521739, 4.47368421052632,
3, 4.5, 4.6875, 4.125, 3.53846153846154, 7.72413793103448, 8.82758620689655,
7.5, 5.2962962962963, 6.04166666666667, 5.71428571428571, 5.24137931034483,
7.89655172413793, 7.11111111111111, 7, 5.41379310344828, 9.73333333333333,
12, 5.96551724137931, 2.61111111111111, 3.5, 3.86363636363636,
5.7, 4.45454545454545, 5.47826086956522, 4.82608695652174, 5.625,
4.93333333333333, 3.26666666666667, 11.5806451612903, 15.5483870967742,
13.8709677419355, 12.4516129032258, 10.8, 12.7741935483871, 14.9354838709677,
15.2258064516129, 14.5806451612903, 16.3870967741935, 17.9677419354839,
22.6774193548387, 27.9677419354839, 17.4193548387097, 5, 4.83333333333333,
8.78571428571429, 12.4642857142857, 12.1724137931034, 12.76,
8.375, 8.86666666666667, 5.40740740740741, 3.91304347826087,
13.1290322580645, 18.9677419354839, 18.8064516129032, 17, 17.3225806451613,
19.4193548387097, 20.3870967741935, 19.6129032258065, 18.7096774193548,
20.3870967741935, 21.5806451612903, 24.4516129032258, 27.5483870967742,
14.9032258064516, 4.76923076923077, 4.17391304347826, 6.83333333333333,
11.5, 9.6, 13.8064516129032, 10.9310344827586, 7.26086956521739,
7.29411764705882, 5.375, 19, 22.9032258064516, 20.0322580645161,
16.1290322580645, 13.3870967741935, 13.8387096774194, 14.1612903225806,
13.2258064516129, 12.8709677419355, 13.4516129032258, 18, 21.3225806451613,
24.1290322580645, 15.5483870967742, 5.90476190476191, 8.125,
8.96, 11.5357142857143, 13.7931034482759, 12.6, 11.0384615384615
), ID = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L,
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L,
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L,
5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 6L,
6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L,
6L, 6L, 6L, 6L, 6L), .Label = c("41361", "41365", "41366", "41366bis",
"41367", "41368"), class = "factor"), Area = structure(c(2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = c("Loliondo",
"Seronera"), class = "factor"), Feeding_Foraging = c(26.8444444444444,
27.0461538461538, 26.8333333333333, 25.5533333333333, 25.1, 26.8275362318841,
24.64, 25.86, 24.7833333333333, 24.6229885057471, 23.6, 23.9333333333333,
24.1712643678161, 24, 23.2, 22.7285714285714, 25.2781609195402,
27.5842105263158, 26.6739130434783, 26.8333333333333, 26.5820512820513,
27.3090909090909, 26.625, 27.6833333333333, 24.6194581280788,
25.1727272727273, 25.4857142857143, 19.2, 19.1025641025641, 19.3333333333333,
19.6747126436782, 21.4827586206897, 20.3448275862069, 19.6114942528736,
20.4666666666667, 19.1011494252874, 18.7, 17.7551724137931, 16.2241379310345,
14.2550724637681, 21.6666666666667, 25.1275362318841, 24.4733333333333,
23.8923076923077, 21.9904761904762, 22.3738095238095, 23.0310344827586,
23.3540229885057, 20.9121212121212, 21.9228070175439, 21.3454545454545,
15.8249336870027, 15.040350877193, 15.6333333333333, 17.5126436781609,
18.1502463054187, 17.247619047619, 17.3367816091954, 16.1181818181818,
16.6820512820513, 16.8102564102564, 16.8666666666667, 13.24,
14.0384615384615, 17.5, 20.851282051282, 21.573275862069, 20.8491379310345,
20.3371428571429, 22.1346469622332, 20.5384615384615, 20.4, 26.2272089761571,
27.9758064516129, 28.7516129032258, 17.9354838709677, 14.6335483870968,
16.8141935483871, 17.6028921023359, 19.3634408602151, 17.3003337041157,
14.7881720430108, 15.2222222222222, 14.9354838709677, 13.3731182795699,
11.7451612903226, 8.15, 3.42142857142857, 12.3677419354839, 27.0554838709677,
26.6269284712482, 22.4379310344828, 19.8186462324393, 20.3499361430396,
21.2440318302387, 25.289124668435, 22.2266666666667, 25.6116129032258,
26.8790322580645, 16.3870967741935, 10.9562211981567, 11.447619047619,
12.9333333333333, 13.0344827586207, 10.6367816091954, 10.1494252873563,
10.5357142857143, 11.3770114942529, 10.2592592592593, 9.07559681697613,
6.08333333333333, 4.74117647058824, 14.9752688172043, 25.9503722084367,
26.7873357228196, 25.4530791788856, 22.2016129032258, 20.9, 15.8731182795699,
19.9602977667494, 26.3166666666667, 26.5058651026393, 26.5821114369501,
11.2428571428571, 9.85344827586207, 11.9555555555556, 14.5471464019851,
16.1290322580645, 16.1890989988877, 16.4301075268817, 17.4317617866005,
18.3096774193548, 16.7004608294931, 12.4569892473118, 9.54736842105263,
7.6962962962963, 15.3666666666667, 26.3677419354839, 23.5437788018433,
23.8282051282051, 20.7190476190476, 18.7923076923077, 17.5139784946237,
21.6551724137931)), row.names = c(NA, -144L), vars = "hour", indices = list(
c(0L, 24L, 48L, 72L, 96L, 120L), c(1L, 25L, 49L, 73L, 97L,
121L), c(2L, 26L, 50L, 74L, 98L, 122L), c(3L, 27L, 51L, 75L,
99L, 123L), c(4L, 28L, 52L, 76L, 100L, 124L), c(5L, 29L,
53L, 77L, 101L, 125L), c(6L, 30L, 54L, 78L, 102L, 126L),
c(7L, 31L, 55L, 79L, 103L, 127L), c(8L, 32L, 56L, 80L, 104L,
128L), c(9L, 33L, 57L, 81L, 105L, 129L), c(10L, 34L, 58L,
82L, 106L, 130L), c(11L, 35L, 59L, 83L, 107L, 131L), c(12L,
36L, 60L, 84L, 108L, 132L), c(13L, 37L, 61L, 85L, 109L, 133L
), c(14L, 38L, 62L, 86L, 110L, 134L), c(15L, 39L, 63L, 87L,
111L, 135L), c(16L, 40L, 64L, 88L, 112L, 136L), c(17L, 41L,
65L, 89L, 113L, 137L), c(18L, 42L, 66L, 90L, 114L, 138L),
c(19L, 43L, 67L, 91L, 115L, 139L), c(20L, 44L, 68L, 92L,
116L, 140L), c(21L, 45L, 69L, 93L, 117L, 141L), c(22L, 46L,
70L, 94L, 118L, 142L), c(23L, 47L, 71L, 95L, 119L, 143L)), group_sizes = c(6L,
6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L,
6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L), biggest_group_size = 6L, labels = structure(list(
hour = 0:23), row.names = c(NA, -24L), class = "data.frame", vars = "hour"), class = c("grouped_df",
"tbl_df", "tbl", "data.frame"))
Feeding_Foraging
andStanding
because it could be that the Binomial distribution is not appropriate in this case. $\endgroup$